Sobald die Schienen und Weichen einmal verlegt sind, und die elektronischen Bauteile zur Rückmeldung der Fahrwege, die Decoder für die Weichenantriebe, Lokomotiven, und Waggons installiert sind, kommt der Programmierer ins Spiel. Sämtliche Lokomotiven besitzen einen Decoder, in welchem ihre eigene Adresse, Fahreigenschaften, Beleuchtung, Geräusche etc. programmiert wird. Ebenso hat jeder Rückmelder der Schiene, sowie jede einzelne Weiche ihre Adresse. So lässt sich jeder Zug auf der Anlage individuell Steuern. Es kann nicht nur die Geschwindigkeit jedes einzelnen Zuges separat geregelt werden, sondern auch deren Funktionen wie Licht, Soundfunktion oder Rauch bei Dampf- oder Dieselloks einzeln angesteuert werden. Wenn ein Zug zum stehen kommt, leuchtet die Frontbeleuchtung weiter oder Rauch und Sound bleiben eingeschaltet. Das war zu Analog- zeiten nicht möglich, denn da wurde das Gleis Stromlos geschaltet, um einen Zug anhalten zu können. So gingen auch alle Lichter am Zug aus.
Da auch noch eine Digitalzentrale vorhanden ist, muss auch die erst mal wissen, welche Fahrzeuge, Weichen, Signale usw. vorhanden sind. Das alles muss in der Digitalzentrale und im PC Programm programmiert werden. Nun muss das PC Programm wissen, welche Züge welche Fahrstrassen benützen dürfen und wo sie halten sollen. Nun ist die Anlage mit wenigen Mausklicks steuerbar. Im PC Programm sind die Fahrstrassen programmiert, und das Programm sucht nun für die jeweilige Zugfahrt ein freies Gleis. Der Zug wird vom PC über die Anlage geleitet, ohne dass es zu Kollisionen kommt. Im unsichtbaren Teil der Anlage ist ein sogenannter Schattenbahnhof mit 14 Gleisen vorhanden. Damit keine Kollisionen entstehen, ist es wichtig, dass die Züge so zum stehen kommen, dass keiner sich beim Aus- oder Einfahren sich touchieren kann. Zusätzlich wird der unsichtbare Bereich mit Kameras überwacht, um allfällige Störungen schneller erkennen zu können.